通过 SSH 在 Pycharm 上使用 Docker 容器中的 Python 解释器
配置工程的运行环境一直是一件麻烦事，尽管 Anaconda 等工具提供的虚拟环境能够提够相对隔离的 Python 环境，但在调用更为底层硬件资源时难免会遇到冲突。例如我所遇到的情况是，需要使用的 Mindspore 最高仅支持 CUDA 11.6，而设备上已经安装了 CUDA 11.8，卸载 …
如何在 X86 设备上使用 Docker 构建 ARM 镜像
最近一直在使用华为 ModelArts 的计算平台，使用这类计算平台的一般流程是先在本地用 Docker 构建镜像，再上传至云端，然后就可以在该环境下部署具体的计算作业了。使用 Docker 构建环境非常方便，基于官方或其他用户提供的基础镜像安装上自己所需要 …
文献总结｜结构诱导的预训练
本文介绍于 2023 年 MIT 研究团队在 Nature Machine Intelligence 发表上的一篇文章，文章原标题为 Structure-inducing pre-training，文章调查了目前广泛应用的多种预训练模型，设计了一种通过图结构在预训练过程中引入显式且深层结构约束的方法。
文献总结｜MTGL-ADMET：一种通过地位理论与最大流增强并用于 ADMET 预测的多任务图学习框架
本文介绍于 2023 年 西北工业大学发表在 RECOMB 2023 上的一篇文章，文章原标题为 MTGL-ADMET: A Novel Multi-task Graph Learning Framework for ADMET Prediction Enhanced by Status-Theory and Maximum Flow，文章通过地位理论与最大流构造了由主要任务与辅助任务构成的多任务模型，相比单任务模型在预测准确性上有很大提高。
文献总结｜探测图表示
本文介绍于 2023 年德国亥姆霍兹信息安全中心研究团队发表在 AISTATS 2023 上的一篇文章，文章原标题为 Probing Graph Representations，文章设计了多种分子表示的探测模型，并通过探测模型研究了图模型在预训练后所编码分子信息。
四月十二奉新纸一试
常常划拉大字，练字的毛边纸用得很快，加之想多试试不同品种的纸，于是日前购买了一批新纸。从古至今，宣纸的价格都不算便宜，也少有人负担得起用宣纸练字，我所购买的纸也大多是毛边纸。新纸亦属于毛边纸，但与以前所买的毛边纸大不相 …
文献总结｜可以同时完成分子语言序列回归和生成的 Regression Transformer
本文介绍于 2023 年 IBM 研究团队发表在 Nature Machine Intelligence 上的一篇文章，文章原标题为 Regression Transformer enables concurrent sequence regression and generation for molecular language modelling，文章提出了一种可以同时处理序列中的数值与文本并完成回归与生成的多任务的 Transformer 模型。
旧书市场淘书记
不得不说，在北方诸多城市中，天津的二手旧物市场可以说是相当火热的。我猜测的原因有二，一则是天津的老龄人口占比多，古玩旧物收藏有很大的受众；二则是得益于近代天津经济、文化的繁荣，许多官商士绅定居在此，天津民间仍流通有十分 …
文献总结｜一种用于基于结构药物设计的 3D 生成模型
本文介绍于 2021 年彭健课题组发表在 NeurIPS 2021 上的一篇文章，文章原标题为 A 3D Generative Model for Structure-Based Drug Design，文章提出了一种能够针对指定的蛋白生成药物分子的 3D 生成模型，在利用蛋白空间信息的情况下生成分子，实现基于结构的药物设计。
文献总结｜对编码器-解码器模型学习过程中化学结构识别的研究
本文介绍于 2023 年东京大学发表在 Journal of Cheminformatics 上的一篇文章，文章原标题为 Investigation of chemical structure recognition by encoder–decoder models in learning progress，文章，文章研究了编码器-解码器模型训练过程中对化学结构识别的过程以及将其潜变量作为分子表示用于下游任务的效果。