我的 2023 年春播计划

过了惊蛰之后,万物萌动,看到园林工人正在整饬路旁的花圃,我的心里也跟着躁动起来,想着非要在阳台上种点什么才好,于是在一番调查与纠结之后确定了这篇春播计划。

文献总结|DrugEx v3:使用基于图 Transformer 的强化学习进行以分子骨架为约束的药物设计

本文介绍 2023 年发布在 Journal of Cheminformatics 上的一篇文章,文章原标题为 DrugEx v3: scaffold‑constrained drug design with graph transformer‑based reinforcement learning,文章介绍了使用包括 Transformer 和 LSTM 模型实现以分子骨架为约束的药物设计的方法并对比了使用 SMILES 与图两种方式的分子表示在分子生成中的区别。

在明清小说中索隐:读《中国叙事学》

浦安迪的《中国叙事学》是一本讨论中国叙事传统和明清小说的小书,页数并不多,不消四五天即可翻完。虽然这是一本学术著作,但语言流畅、分析丝丝入扣,读起来时并不觉得枯燥乏味,反而觉得酣畅淋漓。书题虽为《中国叙事学》,但全书中专门论述 …

春日漫步小记

五六天前刚起了几阵沙尘暴,入眼的一切都是黄蒙蒙的。黄沙中的行人都拉紧着衣服、戴着口罩,可能是为了防沙,也可能是为了防病毒。唯一不避风沙的只有两旁的行道树,经冬之后满是枯枝,更添了几分萧索。就是在这样一片了无生气之中,竟在 …

文献总结|为蛋白质口袋定制分子:用于基于结构药物设计的 Transformer 分子生成方法

本文介绍由微软研究团队于 2022 年发布在 arXiv 上的一篇文章,文章原标题为 Tailoring Molecules for Protein Pockets: a Transformer-based Generative Solution for Structured-based Drug Design,文章使用 Transformer 构建了一种能够获取受体 3 维信息的分子生成模型 TamGent,其中分子生成部分使用了预训练模型,避免了训练数据有限的问题。

文献总结|MolGPT:使用 Transformer 解码器模型实现分子生成

本文介绍于 2022 年发表在 Journal of Chemical Information and Modeling 上的一篇文章,文章原标题为 MolGPT: Molecular Generation Using a Transformer-Decoder Model,在 GPT 模型已经在自然语言处理领域得到了成功应用的背景下,这篇文章首次将 GPT 模型应用于完成分子生成的任务,实现了分子性质和结构两个方面的优化。