机器翻译框架 OpenNMT 入门：快速上手
拆解项目代码的时候发现使用到了 onmt 这个古怪东西，查阅资料后才知道这是一个自然机器翻译的框架，是自然语言处理中常用的工具。但是相关资料又太少，于是不得不照着文档一点一点啃，最后留下了这篇笔记。
文献总结｜基于SMILES用于从头药物设计的深度分子骨架改造模型
本文介绍于 2020 年发表在 Journal of Cheminformatics 上的一篇文章，文章原标题为 SMILES‑based deep generative scaffold decorator for de‑novo drug design，文章通过 MMP 算法得到训练数据，基于 RNN 模型构建了能对分子骨架进行改造的生成模型，模型能够生成具有指定改造位点的分子骨架，并使用分子片段对其改造从而得到新分子。
文献总结｜通过生成深度学习发现 RIPK1 抑制剂
本文介绍于 2022 年发表在 Nature Communications 上的一篇文章，文章原标题为 Generative deep learning enables the discovery of a potent and selective RIPK1 inhibitor，文章通过构建 CRNN 模型，使用迁移学习、正则化强化和取样强化三种策略针对 RIPK1 靶点生成化合物，并从中得到了潜在的 RIPK1 抑制剂。
为深度学习环境配置 CUDA
最近在折腾 OpenNMT 框架，CUDA 与 PyTorch 都是需要的依赖。虽然网络上已经有大量的 CUDA 安装教程，相信也比我写得全面且详细，但手头上的服务器正巧没有安装 CUDA，索性记录下来以备不时之需。
文献总结｜使用课程学习改进从头药物设计
本文介绍于 2022 年发表在 Nature Machine Intelligence 上的一篇文章，文章原标题为 Improving De Novo Molecular Design with Curriculum Learning，文章介绍了深度学习中的课程学习，并将课程学习的策略用于 REINVENT 模型，相比于强化学习的策略，课程学习对解决复杂任务具有更好效果。
文献总结｜LibINVENT：可用于虚拟化合物库构建的基于反应的分子骨架改造模型
本文介绍于 2022 年发表在 Journal of Chemical Information and Modeling 上的一篇文章，文章原标题为 LibINVENT: Reaction-based Generative Scaffold Decoration for in Silico Library Design，文章基于 RNN 与 RL 构建了能够对分子进行结构改造的模型，模型在经过分子片段数据的训练后，模型能够在分子相应改造位点上连接不同化学结构，是构建虚拟化合物库的有利工具。
文献总结｜SyntaLinker：使用 Conditional Transformer 神经网络自动连接分子片段
本文介绍于 2020 年发表在 Chemical Science 上的一篇文章，文章原标题为 SyntaLinker: automatic fragment linking with deep conditional transformer neural networks，文章将基于语义模型 Transformer 识别并连接分子片段，最终设计了一种分子片段连接工具 SyntaLinker，它能够有效完成有约束的分子片段连接任务。
文献总结｜使用强化学习和基于图的深度生成模型进行从头药物设计
本文介绍于 2022 年发表在 Journal of Chemical Information and Modeling 上的一篇文章，文章原标题为 De Novo Drug Design Using Reinforcement Learning with Graph-Based Deep Generative Models，文章借鉴了 REINVENT 模型的强化学习策略，将其用于基于图的分子生成模型，得到了较好的结果。
文献总结｜ChemistGA：用于实际药物发现的可合成分子生成算法
本文介绍于 2022 年发表在 Journal of Medicinal Chemistry 上的一篇文章，文章原标题为 ChemistGA: A Chemical Synthesizable Accessible Molecular Generation Algorithm for Real-World Drug Discovery，文章改进了传统的遗传算法，使其在药物分子生成的任务上具有比深度学习更优的表现效果。
文献总结｜通过随机化 SMILES 序列提升分子生成模型质量
本文介绍于 2019 年发表在 Journal of Cheminformatics 上的一篇文章，文章原标题为 Randomized SMILES strings improve the quality of molecular generative models。