文献总结|通过深度神经网络捕获化学家的直觉实现分子优化

本文介绍于 2021 年发表在 Journal of Cheminformatics 上的一篇文章,文章原标题为 Molecular optimization by capturing chemist’s intuition using deep neural networks,文章使用通过 MMP 算法生成的分子对数据和分子性质数据训练了 Transformer 和 seq2seq 等模型,这些模型能够通过结构改造得到具有目标性质的分子。

文献总结|匹配分子对以外基于 Transformer 的分子优化

本文介绍于 2022 年发表在 Journal of Cheminformatics 上的一篇文章,文章原标题为 Transformer‑based molecular optimization beyond matched molecular pairs,目前已经出现许多使用 MMP 的 Transformer 模型,针对这种现状,文章评估了除 MMP 以外其他分子匹配方式对 Transformer 模型表现的影响。

文献总结|Molecular Sets (MOSES):分子生成模型的评估平台

本文介绍于 2020 年发布在 arXiv 上的一篇文章,文章原标题为 Molecular Sets (MOSES): A Benchmarking Platform for Molecular Generation Models,文章介绍了目前在评估分子生成模型方面存在的问题,并且设计了用于衡量模型表现的一套标准指标,目前 MOSES 已经广泛应用于各类分子生成任务。

文献总结|DRlinker:使用深度强化学习优化连接片段设计

本文介绍于 2022 年发表在 Journal of Chemical Information and Modeling 上的一篇文章,文章原标题为 DRlinker: Deep Reinforcement Learning for Optimization in Fragment Linking Design,文章是对 SyntaLinker 的改进,在原有结构的基础上引入了强化学习策略,使模型在完成分子连接的任务以外,还能使模型根据设定的任务生成满足约束的新分子。